domingo, 7 de noviembre de 2010

El proyecto de los 1000 genomas humanos: solo quedan 821

La obtención de la secuencia del genoma humano con una calidad aceptable hace ya una década se considera una inflexión en nuestra manera de ver y hacer Ciencia, el punto de partida de la llamada Era Postgenómica, piedra angular de la investigación biomédica en el siglo XXI. Ahora que la tecnología de secuenciación y análisis informático de las secuencias ha dado un salto cuantitativo de varios órdenes de magnitud, el siguiente paso es el llamado “Proyecto de los 1000 Genomas”. La comunidad científica pretende con esta iniciativa resolver con cierta precisión la variabilidad genética de la especie humana. ¿Por qué somos distintos física y emocionalmente? ¿Por qué algunos tenemos más o menos desarrolladas ciertas cualidades o capacidades? Y, sobre todo, ¿qué hay escrito en nuestros genes sobre nuestra predisposición a las enfermedades o nuestra respuesta a tratamientos médicos? Se sabe, por ejemplo, que la diabetes, la obesidad o la enfermedad cardiovascular tienen un importante componente genético, pero aún ignoramos el cóctel de genes responsables y las variantes involucradas. Muchos investigadores creen que si no incluimos en ese cóctel variantes poco comunes en la población (y, por tanto, aún no detectadas con el material disponible), seguiremos sin entender las bases genéticas de estas enfermedades.  Pues bien, se supone que secuenciando y comparando entre sí 1000 genomas humanos de individuos no relacionados sabremos algo más. Una de las esperanzas es dar con variantes poco comunes que han escapado hasta ahora al escrutinio. Ambicioso y caro, sí, va a ser conocer nuestra idiosincrasia.
Mil es un número muy redondo y en unos años veremos el resultado, pero de momento se han publicado ya en Nature las conclusiones de una primera fase piloto del proyecto en la que se han resuelto 179 genomas, una cantidad nada desdeñable. Aunque en esta fase piloto la cobertura de estos genomas no ha sido muy completa que digamos (es decir, no se ha hecho una secuenciación exhaustiva de cada uno) y hay que asumir cierta tasa de error en las secuencias, se ha complementado el estudio con estrategias complementarias. Una de ellas es la secuencia de alta calidad de dos familias (padre, madre e hijo), seis personas en total. De este estudio en particular es posible deducir cuántas mutaciones se generan de novo en un individuo, es decir, cambios genéticos que aparecen en el hijo pero que no ha heredado de ninguno de sus padres. El estudio sugiere que una de cada 100 millones de bases cambia en una generación (para bien o para mal, la especie sigue evolucionando…).   
La segunda estrategia complementaria consiste en la secuencia de las regiones expresadas de genoma, los llamados exones de los genes, que es esa mínima parte del genoma que lleva información (todo lo que no entra en la categoría, mal llamada, de ADN basura). Los exones son muy pobres en variabilidad genética en comparación con las regiones menos informativas del genoma, pero las diferencias encontradas pueden ser, obviamente, más relevantes para el fenotipo, es decir, más importantes a la hora de relacionar dicha variabilidad con los rasgos y predisposiciones que nos interesan desde el punto de vista médico, científico o por pura curiosidad. Esta última estrategia se ha llevado a cabo sobre el material genético de 697 personas. Estamos pues afinando muchísimo nuestro conocimiento de esas pequeñas diferencias que nos hacen como somos, ni mejor ni peor (lo más peligroso de la genética son las interpretaciones que pretenden justificar la superioridad de un grupo o individuo). En esta fase del estudio se llega a la caracterización de 15 millones de SNPs (single nucleotide polymorphisms; cambios de una sola base en la secuencia), más de la mitad de ellos hasta ahora desconocidos. A esto hay que añadir un millón de pequeños cambios un poco más drásticos (inserciones o deleciones de unas pocas bases) y 20.000 variantes estructurales en los genomas. A vista de pájaro, los investigadores calculan que eso supone el 95% de lo que se puede encontrar en el material analizado, que no es poco. Para que no perdamos de vista que la genética es una lotería, los autores estiman que cada persona porta entre 250 y 300 genes inactivados por mutaciones al menos en una de sus copias (recuerde el lector que es diploide y por tanto porta un duplicado de sus genes procedente a su vez de una de las copias de cada uno de sus progenitores). Entre 50 y 100 de estos genes estarían implicados en enfermedades hereditarias conocidas. Es algo más de un 0,5% de nuestros genes y el hecho de que cada uno somos portadores de al menos 50 enfermedades hereditarias nos da que pensar. Menos mal que el azar juega en nuestro favor y no es tan fácil que nuestra media naranja porte justo las mismas, de modo que nuestros hijos con seguridad heredarán su ración de genes de riesgo, pero no será tan común que la recombinación les otorgue alteradas las dos copias de un gen importante, afortunadamente. Pero aunque lo poco común es raro por definición, no es raro rarísimo… Puedes consultar en FEDER, la Federación Española de Enfermedades Raras, una larga lista de estas afecciones, algunas horribles... Allí te contarán que 30 millones de personas en la Unión Europea las padecen. En fin, estaremos atentos pacientemente al siguiente capítulo de la Genómica... A los científicos nos encantan los números, pero ya sé lo que están ustedes pensando: ¡Menos números y más beneficios!

4 comentarios:

Fairygu dijo...

Interesante, muy interesante, las cifras me fascinan,sobretodo las que indicas respecto al número de mutaciones que aparecen en una generación....si pudiera ver estos datos nuestro amigo Darwiiiiiin!!!!!
Gracias por desgranar este paper. Todos estos estudios cientifico-masivo-multimillonarios
-suprainformáticos-ultraestadísticos me han dado siempre un poco de vértigo. Creo que el desarrollo tecnológico avanza una escala muchos ordenes de magnitud mayor que el ético-social, de cualquier forma no hay duda del beneficio que se podría llegar a obtener con toda esta información bien utilizada.

VictorJCid dijo...

Bien dicho.
Y gracias por leeernos!

Dr. Litos dijo...

Por el amor de Darwin, todo esto por indagar todavía a nivel genético, luego falta el nivel epigenético, el proteómico y la integración metabolómica de todos estos datos... me parece a mi que antes de que nos entendamos a nosotros mismos, van a pasar demasiados años, igual nos encontramos antes barridos por el estallido de nuestro querido astro, y todos a tomar viento.

En cualquier caso, por algo se empieza, y si algo han demostrado los trabajos de secuenciación es que cada vez se obtienen más datos y más rápido. Es la época "datómica", más que otra cosa.

VictorJCid dijo...

Oh, cierto como la inescrutable vida misma, Dr. Litos. Con todos estos datos hay que mantener entretenidos a los ordenadores clónicos para que no les quede tiempo para pensar pos sí mismos. De lo contrario nos acabarán clonando a nosotros... Con lo agusto que estábamos los biólogos moleculares con nuestra proteinita en la era pregenómica...